Flora
Ekosistem TN Gunung Halimun Salak merupakan hutan hujan tropis pegunungan terluas di Pulau Jawa. Kawasan ini juga merupakan habitat berbagai jenis satwa, tumbuhan dan jasad renik. Pada ketinggian antara 500 – 1000 m dpl (zona collin), jenis tumbuhannya antara lain : Rasamala (Altingia exelsa), Puspa (Schima wallichii), Saninten (Castanopsis javanica), Kiriung Anak (Castanopsis acuminatissima), Pasang (Quercus gemeliflora).
Hutan Hujan Tropis Pegunungan (Zona Sub Montana) ; Pada ketinggian antara 1000-1400 m dpl (zona sub-montana), terdapat beberapa jenis seperti Acer laurinum, Ganitri (Elaeocarpus ganitrus), Eurya acuminatissima, Buni (Antidesma bunius), Beringin (Ficus spp). Kayu manis (Cinnamomun sp), Kileho (Saurauia pendula) dan Kimerak (Weinmania blumei).
Hutan Hujan Tropis Pegunungan (Zona Montana) ; Sementara pada ketinggian diatas 1500 m dpl (zona montana) didominasi oleh jenis-jenis Podocarpus seperti Kibima (Podocarpus blumei), Kiputri (Podocarpus imbricatus) dan Jamuju (Dacrycarpus imbricatus).
Disamping jenis-jenis tersebut di atas, terdapat sekitar 75 jenis anggrek yang diantaranya merupakan jenis langka seperti Bulbophylum binnendykii, B. angustifolium, Cymbidium ensifolium, dan Dendrobium macrophyllum.
Fauna
Taman Nasional Gunung Halimun Salak merupakan habitat dari beberapa satwa mamalia seperti Owa (Hylobates moloch), Kancil (Tragulus javanicus), Surili (Presbytis comata), Lutung budeng (Trachypithecus auratus), Kijang (Muntiacus muntjak), Macan tutul (Panthera pardus), dan Anjing hutan (Cuon alpinus)
Terdapat kurang lebih 204 jenis burung dan 90 jenis diantaranya merupakan burung yang menetap serta 35 jenis merupakan jenis endemik di Jawa termasuk burung Elang Jawa (Spizaetus bartelsi)
Selain itu terdapat dua jenis burung yang terancam punah yaitu Burung Cica matahari (Crocias albonotatus) dan Burung Poksai kuda (Garrulax rufifrons). Burung Elang Jawa yang identik dengan lambang negara Indonesia (Burung Garuda), cukup banyak dijumpai di kawasan ini.